我国集装箱海铁联运在技术标准、法制法规、市场化体制、运输组织、港口配套设施、服务市场网络、价格体系、信息系统等诸多方面，还存在明显的缺陷。这是海铁联运市场不成熟的主要标志。具体表现在四个方面：一是商务规则缺乏。我国铁路的运票、运价体系和补偿体系与国际集装箱海运体系不一致。二是班次问题。目前铁路班次须达到一定货量之后才能发送，而船公司按照固定班期发运，二者无法紧密配合，这是制约海铁联运发展的一个“瓶颈”。三是铁路、港口、船公司、查验单位等分属不同部门管理，不能完全实现数据信息共享，造成了各环节上的信息传递滞后。船公司的积极性低、铁路战略布局不到位等因素，致使各有各的经营模式、各有各的利益诉求，很难有大家都认同的合作机制，也是重要制约因素。四是发展方式落后。产业集群度低、运输车辆空驶率高、物流集散中心布局不合理、信息化建设水平低、基础设备落后等问题，抬高了总成本。因为当前很多车辆的配载系统不是想象中的那样可以满载，一般40%的车辆都是空载的，实际真正能够来回“重车进、重车出”只能做到60%左右。